光學顯微鏡與電子顯微鏡有很大的不同，光源、透鏡、成像原理、分辨率、景深和樣品制備方法。

光學顯微鏡，通常被稱為光學顯微鏡，是一種以可見光為光源的顯微鏡。光學顯微鏡是一種利用光學原理放大人眼無法區(qū)分的小物體的光學儀器，為人們提取微結構信息。廣泛應用于細胞生物學中。

光學顯微鏡一般由載物臺、聚光照明系統(tǒng)、物鏡，目鏡和調焦機構組成。載物臺用于承放被觀察的物體。利用調焦旋鈕可以驅動調焦機構，使載物臺粗調或者微調運動，便于被觀察物體成像清晰。光學顯微鏡所成的像為倒像（上下倒立、左右互換）

電子顯微鏡是高端技術產品的誕生物。它與我們通常使用的光學顯微鏡相似，但與光學顯微鏡大不相同。首先，光學顯微鏡使用光源。電子顯微鏡使用電子束，兩者之間的結果是不同的。例如，當觀察細胞時，光學顯微鏡只能看到細胞和一些細胞器，如線粒體和葉綠體，但只能看到細胞的存在和細胞器的具體結構。電子顯微鏡可以更詳細地看到細胞器的精細結構，甚至蛋白質等大分子。

電子顯微鏡包括透射電子顯微鏡、掃描電子顯微鏡、反射電子顯微鏡和發(fā)射電子顯微鏡。其中，掃描電子顯微鏡被廣泛使用。掃描電子顯微鏡廣泛應用于材料分析和研究，主要用于材料斷口分析、微區(qū)成分分析、各種涂層表面形狀分析、層厚測量、顯微組織形狀和納米材料分析X 射線衍射儀或電子能譜儀結合形成物質成分分析的電子微探針。

掃描電鏡（Scanning Electron Microscope）簡寫為 SEC,它是一種新型的電子光學儀器。它由真空系統(tǒng)、電子束系統(tǒng)和成像系統(tǒng)系統(tǒng)和成像系統(tǒng)。它利用細聚焦電子束在樣品表面掃描時激發(fā)的各種物理信號來調制成像。

子激發(fā)了樣品表面的二次電子。顯微鏡觀察每個點散射的電子，樣品旁邊的閃爍晶體接收二次電子，通過放大顯像管的電子束強度來改變顯像管屏幕上的亮度。顯像管的偏轉線圈與樣品表面的電子束同步掃描，使顯像管的熒光屏顯示樣品表面的形狀圖像。

具有制樣簡單、放大倍數(shù)可調、范圍寬、圖像分辨率高、景深大等特點。透射電子顯微鏡應用性能：1。晶體缺陷分析。所有損壞正常點陣周期

結構統(tǒng)稱為晶體缺陷，如空位、位錯、晶界、沉淀物等。這些破壞點陣周期性結構會導致其區(qū)域的衍射條件發(fā)生變化，使缺陷區(qū)域的衍射條件不同于正常區(qū)域的衍射條件，從而在熒光屏上顯示出相應的亮度和暗度差異。2.組織分析。除了各種缺陷外，還可以產生不同的衍射圖案，可以在觀察組織形態(tài)的同時分析晶體的結構和取向。3.原位觀察。使用相應的樣品平臺，可以在透射電鏡中進行原位實驗。例如，使用應變拉伸樣品觀察其變形和斷裂過程。4.高分辨率顯微技術。提高分辨率，使物質的微觀結構能夠更深入地觀察，一直是人們不斷追求的目標。高分辨率電子顯微鏡利用電子束相位的變化，由兩束以上的電子束相連成像。在電子顯微鏡分辨率足夠高的情況下，使用的電子束越多，圖像的分辨率越高，甚至可以用于薄樣品原子結構成像。